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被朱由检撤掉不再设立。
但大元帅府有自己的部门如同以前的六部衙门一样，事实上就相当于军0事委0员会，而朱由检是主席。
但都察院、大理寺、刑部即三法司是不隶属于内阁与大元帅府的。
但他却掌控了大明的立法权与司法权以及检察权，从某种意义上来说，都察院、大理寺、刑部和内阁与大元帅府是并立的。
除皇帝本人外，任何一个帝国官员不可能在掌控部分军权的同时还掌控司法权以及检察权和行政权。
但大明并没有完全实现司法独立。
大元帅府内部还有军法官，而皇帝自己还有东厂和锦衣卫。
不过，朱由检正在努力让除了大元帅府内部犯罪人员交由三法司处理，但对大元帅府体系官员的监督则没有交给三法司而是交给了锦衣卫。
大元帅府体系的官员只能皇帝自己的人去监督其贪腐情况，即便是三法司的文官也没有权力监督与羁拿大元帅府体系的官员，只能由锦衣卫羁拿再交给三法司后再由三法司的刑部立案、大理寺判决，都察院监审。
但锦衣卫只负责对军队和监督和对外军事情报的管理，不再参与对行政与司法系统的监督，而对行政和司法系统的监督则只由东厂负责。
锦衣卫和东厂依旧是朱由检加强皇权的左右眼睛，一只监督军队，一只监督行政与司法。
现在的大明再以文官武官来区分帝国官员明显已经不适合。
毕竟在大元帅府代表的军队里也有文官，而在内阁控制的兵部里也有武官，卫所兵依旧是属于兵部但已经只充当维持地方治安的角色，甚至在三法司里也有武官。
大明帝国现在已经是一个近代化的资本帝国，在皇帝之下也已实现三权分立，自然帝国官员也以三种不同权力性质来区分。
帝国的官员们已经在适应这种变化。
随着范景文和高弘图两次组阁，以及大元帅府在军事统筹与指挥上的完美发挥和刑部、都察院、大理寺等对战犯等的独立审理，皆已让大明帝国的官员们适应了这种统治方式。
“从崇祯二十四年开始，大明取消战区制，以原有的承宣布政使司为基础改为省，恢复甘肃省，省内依旧保留布政使司、按察使司、都指挥使司，省设巡抚，巡按！巡按向巡抚与都察院负责，都指挥使司官员由大元帅府选命且向大元帅府负责，按察使司只向刑部负责。”
“另外，设云贵、四川、两广、湖广、闽浙、南直隶、北直隶、蓟辽、山西、陕甘等地设战区总督与总兵，总督与总兵皆由大元帅府任命，领驻扎于这几处战略区域的近卫军兵马，各省都指挥使向大元帅府负责便是向该所辖区域内的总督与总兵负责。”
“在崇祯二十四年三月以前，大元帅府、内阁、刑部、都察院完成各省所属机构建立与官员任命，崇祯二十四年三月开始重新选举内阁首辅，由各省巡抚和各战区总督以及两京堂官为候选人，向朕陈诉竞选内阁首辅理由，朕将于五月宣布新任内阁首辅人选，以后内阁首辅限制期限，每五年一届选举，不得超过两届连任，即不得超过十年，以避免帝王专宠一人，出现权臣！”