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在，在这个世界上只能有一个神盾局发出声音。
科尔森率先提出了要统一神盾局，尽管之前发生了那么多的事情，但科尔森坦陈自己也有错误，他提出由自己担任神盾局的局长，而冈萨雷斯担任神盾局的顾问，这样他们既有非常隐秘的基地，又有一艘空天母舰。
双方相互之间的职责并没有太大的改变，只有托马斯·韦弗和芭芭拉的职责进行了调整。
托马斯·韦弗因为要重建神盾学院一事，她的重心由空天母舰上转移到了地面上，而芭芭拉则是空天母舰上担任更多的职责。不仅是芭芭拉，神盾基地里面的许多人都要迁入空天母舰来任职，毕竟就这么一艘可以容纳上万人的空天母舰来说，现在他上面的人手太少了，让空天母舰无法发挥出最大的威力。
而在经过商议后，他们将目标锁定在了异人族的身上，他们无法忍受一个神秘强大的势力在暗中窥伺。
斯凯还是太过天真，她根本就不知道科尔森和冈萨雷斯已经联手绝对对付异人族了，她只是一直守护着林肯，过了近半个月之后，他才苏醒了过来。
然而醒过来之后，林肯却是出人意料的生气，因为他清楚的知道，当神盾局得知异人族的存在之后，会十分危险，他们必然会对异人族采取攻击。
斯凯却是对这件事情保持乐观，异人族又没有危害到人类，神盾局没有理由主动去攻击他们的。
但斯凯并不清楚，现在的神盾局已经不是之前的缩手缩脚的神盾局了，拥有了空天母舰的他们，再度恢复了尼克·弗瑞担任神盾局长的霸道作风，他们需要为神盾局的重新现世建立立威。
进攻异人族是冈萨雷斯提出的，但是科尔森却没有表示反对，异人族的存在让他很不好的联系到了克里人的身上，一旦克里人抵达地球，那么这些异人族就会成为克里人攻占地球的先锋。
同样，通过瑞娜，异人族同时预示到在未来他们很有可能被消灭，因为一件时而是固态，时而又成为液态的石门，而那件东西就是当初克里人用来制造出来毁灭异人族的东西，当然这些是异人族从古流传下来的神话。
因为要寻找那件石门，戈登利用自己的空间转移能力，带着瑞娜，循着感应，找到了那件石门的位置，而那里正是神盾局存放最机密事物的地方，也就在神盾局空天母舰的深处。
很不幸的是他们被无意间路过的亨特所发现，在找到那件石门的时候又碰到了梅和芭芭拉，好在他们及时的利用空间转移的能力逃走了，这才没有被神盾局的人所捕获。
但这样一来也惊动了科尔森和冈萨雷斯，这个时候，大家才从冈萨雷斯的嘴里知道了关于那件石门更多的信息。
“当初有机会，我就该毁了它的。”冈萨雷斯通过监控屏幕，紧盯着那件石门，叹了口气，然后才对大家说道：“它是近一百年前，在一个挖掘点找到的，其能量特征我们前所未见，没有人知道它究竟来自于哪个星球，也没有人知道它究竟有什么用，九头蛇的人在找它，现在又多了一伙人。”
而对于这个问题，现在神盾局手上就有一个可以了解的途径，那就是林肯。
科尔森亲自出面，希望能够让斯凯和林肯配合，交代出关于异人族一切情况，斯凯此时已经清晰的感受到了神盾局对于异人族的恶意，还没有弄清楚情况，就想要对异人族动手，她对眼前的神盾局感到十分的陌生。
对于科尔森和梅琳达所说的一切，异人族对空天母舰的入侵，两个人咄咄逼人的态度，斯凯虽然有些犹豫，但是想到林肯对她说的那些话，斯凯再度坚定了起来，并没有将异人族的情况告知两人。
然而神盾局并不是没有后手，他们依靠从九头蛇那里获得的能够追踪戈登的方法，从戈登自空天母舰离开的时候，便开启了追踪，最终查到了“来世”位置，之后，便是大军压境，危机在这一刻到来。